Theo quy định mới được sửa đổi, người nộp thuế TTĐB đối với hàng hóa chịu thuế TTĐB nhập khẩu được khấu trừ số thuế TTĐB đã nộp ở khâu nhập khẩu khi xác định số thuế TTĐB phải nộp bán ra trong nước.
Số thuế TTĐB được khấu trừ tương ứng với số thuế TTĐB của hàng hóa chịu thuế TTĐB nhập khẩu bán ra và chỉ được khấu trừ tối đa bằng tương ứng số thuế TTĐB tính được ở khâu bán ra trong nước.
Đối với số thuế TTĐB không được khấu trừ thuế, người nộp thuế được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
Đối với trường hợp nhập khẩu nguyên liệu chịu thuế TTĐB để sản xuất hàng hóa chịu thuế TTĐB và trường hợp nhập khẩu hàng hóa chịu thuế TTĐB thì chứng từ để làm căn cứ khấu trừ thuế TTĐB là chứng từ nộp thuế TTĐB khâu nhập khẩu.
Đối với trường hợp mua nguyên liệu trực tiếp từ nhà sản xuất trong nước: trong hợp đồng mua bán hàng hóa phải có nội dung thể hiện hàng hóa do cơ sở bán hàng trực tiếp sản xuất; bản sao giấy chứng nhận kinh doanh của cơ sở bán hàng; chứng từ thanh toán qua ngân hàng; Hóa đơn GTGT khi mua hàng.
Chứng từ để làm căn cứ khấu trừ thuế TTĐB là hóa đơn GTGT khi mua hàng. Số thuế TTĐB mà đơn vị mua hàng đã trả khi mua nguyên liệu được xác định là giá tính thuế TTĐB nhân với thuế suất thuế TTĐB.
Trong đó: giá tính thuế TTĐB = (bằng) (giá mua chưa có thuế Giá trị gia tăng (thể hiện trên hóa đơn giá trị gia tăng) – (trừ đi) thuế Bảo vệ môi trường (nếu có)) : (chia cho) (1+ Thuế suất thuế TTĐB).
Việc khấu trừ tiền thuế TTĐB được thực hiện khi kê khai thuế TTĐB. Số thuế TTĐB phải nộp được xác định bằng (=) số thuế TTĐB của hàng hóa chịu thuế TTĐB được bán ra trong kỳ trừ đi (-) số thuế TTĐB đã nộp đối với hàng hóa, nguyên liệu ở khâu nhập khẩu hoặc số thuế TTĐB đã trả ở khâu nguyên liệu mua vào tương ứng với số hàng hóa được bán ra trong kỳ.
Theo Thông tư, trường hợp chưa xác định được chính xác số thuế TTĐB đã nộp (hoặc đã trả) cho số nguyên vật liệu tương ứng với số sản phẩm tiêu tiêu thụ trong kỳ thì có thể căn cứ vào số liệu của kỳ trước để tính số thuế TTĐB được khấu trừ và sẽ xác định theo số thực tế vào cuối quý, cuối năm. Trong mọi trường hợp, số thuế TTĐB được phép khấu trừ tối đa không vượt quá số thuế TTĐB tính cho phần nguyên liệu theo tiêu chuẩn định mức kinh tế kỹ thuật của sản phẩm.
Đáng chú ý, Thông tư 20 quy định, đối với doanh nghiệp được phép sản xuất xăng E5, E10, việc kê khai nộp thuế, khấu trừ thuế TTĐB được thực hiện tại cơ quan thuế địa phương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính. Số thuế TTĐB chưa được khấu trừ hết trong kỳ của xăng E5, E10 được bù trừ với số thuế TTĐB phải nộp của hàng hóa, dịch vụ khác.
Có thể nói, Thông tư số 20 quy định cụ thể hơn về khấu trừ thuế TTĐB khi tách biệt các loại hàng hóa nhập khẩu khác với xăng. Đồng thời, Thông tư này cũng bổ sung thêm các điều kiện khấu trừ thuế TTĐB giúp doanh nghiệp nắm sâu và chắc hơn các quy định về điều kiện khấu trừ.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20/4/2017.