Theo đó, sau khi có báo cáo của Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam, ý kiến của Bộ Công Thương, Bộ Xây dựng, Bộ Khoa học và Công nghệ về kết quả khảo sát tại đập Thủy điện Sông Tranh 2, Phó Thủ tướng Chính phủ Hoàng Trung Hải có ý kiến chỉ đạo các bộ ngành và các đơn vị liên quan như sau:
Bộ Công Thương tiếp tục chỉ đạo Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN) thực hiện các giải pháp xử lý thấm tổng thể trước ngày 31/7/2012 phải đưa lưu lượng thấm về nhỏ hơn mức thiết kế. Bên cạnh đó, EVN phải thực hiện kiểm tra, đưa toàn bộ các thiết bị quan trắc vào làm việc, tổ chức việc quan trắc, cập nhật kịp thời các thông số quan trắc theo thiết kế được duyệt, nghiên cứu, ứng dụng thêm một số phương pháp địa vật lý để xác định các khuyết tật có thể có trong thân đập Thủy điện Sông Tranh 2.
Phó Thủ tướng cũng giao Bộ Khoa học và Công nghệ phối hợp với Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam tổ chức nghiên cứu, đánh giá chi tiết về điều kiện địa chất, địa động lực học và hoạt động địa chất khu vực Bắc Trà My, tỉnh Quảng Nam. Viện Khoa học và Công nghệ cần khẩn trương hoàn thành xây dựng hệ thống các trạm quan trắc địa chấn nhằm tăng cường mạng lưới quan sát động đất phục vụ việc theo dõi và thông báo kịp thời động đất và cảnh báo sóng thần trong toàn quốc.
Đối với Bộ Xây dựng, Phó thủ tướng Chính phủ yêu cầu phải tổ chức đánh giá an toàn đập sau khi EVN xử lý xong việc thấm nước qua đập và tác động của động đất kích thích tại khu vực Thủy điện Sông Tranh 2. Trường hợp cần thiết, cho phép thuê tư vấn trong và ngoài nước có đủ năng lực và kinh nghiệm hỗ trợ việc phân tích, đánh giá an toàn đập Thủy điện Sông Tranh 2. Đồng thời, thực hiện nghiệm thu, cho phép đưa công trình vào hoạt động theo thông số thiết kế ở mức nước dâng bình thường sau khi có kết luận đập Thủy điện Sông Tranh 2 bảo đảm an toàn.