Theo Công văn số 7890/VPCP-KTN ngày 5/10/2012 của Văn phòng Chính phủ, xét đề nghị của UBND tỉnh Sơn La về việc cho phép ứng trước kế hoạch vốn 2013 thực hiện bồi thường, hỗ trợ và tái định cư dự án Thủy điện Sơn La, tỉnh Sơn La, Phó thủ tướng Chính phủ Hoàng Trung Hải giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thống nhất mức vốn ứng kế hoạch năm 2013 cho tỉnh Sơn La từ nguồn Trái phiếu Chính phủ Dự án di dân, tái định cư Thủy điện Sơn La giai đoạn 2012 - 2015.
Mức vốn ứng trên phải trình Thủ tướng Chính phủ quyết định trước ngày 15/10/2012.
Theo báo cáo của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, đến nay việc di dân, tái định cư đã cơ bản hoàn thành, đáp ứng tiến độ, hình thành hệ thống hạ tầng kỹ thuật, công trình công cộng khá đồng bộ. Hiện 100% số hộ dân tái định cư chuyển đến nơi ở mới có nhà ở đẹp và khang trang hơn nơi ở cũ, môi trường được cải thiện, phong tục tập quán của các dân tộc được duy trì và phát huy. Ngày 5/10/2012, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng cũng đã đồng ý điều chỉnh, bổ sung Quy hoạch tổng thể di dân, tái định cư dự án Thủy điện Sơn La trên cơ sở kiến nghị của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Theo Quyết định số 668/QĐ-TTg ngày 5/6/2012 của Thủ tướng Chính phủ về việc tạm phê duyệt tổng mức đầu tư điều chỉnh dự án Thủy điện Sơn La với tổng mức đầu tư điều chỉnh là 60.195,928 tỷ đồng. Trong đó, dự án di dân, tái định cư là 20.293,821 tỷ đồng.